לאחר קריאת פרשת השבוע בשבת בבית הכנסת, עולה לתורה המפטיר וקוראים לו שוב את הפסוקים האחרונים של הפרשה. `מפטיר` פירושו משלים או מסיים.
לאחר הגבהת ספר התורה וגלילתו קוראים מספרי הנביאים את ההפטרה.
העולה ל`מפטיר` מברך ברכה לפני הקריאה. בברכה זו מוזכרת חשיבות הקריאה בדברי הנביאים: "ברוך… אשר בחר בנביאים טובים ורצה בדבריהם הנאמרים באמת".
ולאחר ההפטרה מברכים ארבע ברכות מענייני השבת.
המנהג לקרוא את ההפטרה החל בתקופת החשמונאים, בעקבות גזירות אנטיוכוס אפיפנס. הוא אסר לקרוא בתורה בשבת, ולכן החלו לקרוא פרק בנביא, כדי שלא תשתכח תורת הקריאה בשבת. קריאה זו לא פסקה גם לאחר ניצחון החשמונאים וביטול הגזירה. יש דעות שעזרא הסופר תיקן את קריאת ההפטרה בתחילת ימי בית המקדש השני.
פרקי הנביא שנקבעו לקריאה בהפטרה קשורים, בדרך כלל, לעניין שבו עוסקת הפרשה. לדוגמה, בשבוע שבו קוראים את פרשת בראשית, ההפטרה היא בפרקים מ"ב-מ"ג בישעיהו, העוסקים בבריאת העולם. ההפטרה לפרשת נח כוללת פסוקים מספר ישעיהו, המזכירים את נח ואת מי המבול, וכן הלאה.
יש הפטרות שהעניינים המתוארים בהן מתאימים לזמן שבו הן נקראות. לדוגמה, בשלושת השבועות שמשבעה עשר בתמוז ועד לתשעה באב, שהם "ימי בין המצרים" – ימי האבלות על חורבן בית המקדש – נקראות שלוש הפטרות, הכוללות נבואות תוכחה ופורענות. בשבת שלפני תשעה באב נקראים דברי תוכחה מספר ישעיהו, הפותחים במילים: "חזון ישעיהו בן אמוץ", ועל שם הפטרה זו נקראת השבת: "שבת חזון". בהפטרה זו מופיעה בקורת קשה על חטאי העם.
עם תום ימי האבל על החורבן, בשבעת השבועות שבין תשעה באב ועד לראש השנה, נקראות שבע הפטרות המכילות דברי נחמה. הראשונה שבהן פותחת במילים: "נחמו נחמו עמי". גם דברי נחמה אלו נלקחים מנבואתו של ישעיה. שבת זו נקראת על שם ההפטרה "שבת נחמו".
בשבת שבין ראש השנה לבין יום הכיפורים, היא השבת שבתוך "עשרת ימי תשובה", אנו קוראים מדברי הנביא הושע: "שובה ישראל עד ה` אלוקיך", והשבת נקראת "שבת שובה".
גם "שבת הגדול", השבת שלפני חג הפסח, נקראת על שם הפסוק מדברי הנביא מלאכי, המסיים את ההפטרה של אותה שבת: "הנה אנכי שולח לכם את אליה הנביא לפני בוא יום ה` הגדול והנורא".
יש הפטרות מיוחדות לשבת שחל בה ראש חודש ולשבת ערב ראש חודש, כאשר ראש חודש יחול למחרת, ביום ראשון. בשבת ראש חודש קוראים את פרק ס"ו מישעיהו: "והיה מדי חדש בחדשו ומדי שבת בשבתו יבוא כל בשר להשתחוות לפני אמר ה`", ובשבת של ערב ראש חודש קוראים את ההפטרה מספר שמואל א` (פרק כ`): "ויאמר לו יהונתן מחר חודש".
יש גם הפטרות מיוחדות לחגים ולתעניות. בשונה משבתות וימים טובים, שבהם קוראים את ההפטרה לאחר קריאת התורה בתפילת שחרית, בימי התעניות קוראים את ההפטרה בתפילת מנחה. קוראים בפרק נ"ו מספר ישעיהו, בפסוקים המעוררים לשוב בתשובה: "דרשו ה` בהמצאו, קראוהו בהיותו קרוב, יעזוב רשע דרכו ואיש און מחשבותיו".
ביום הכיפורים קוראים במנחה את כל ארבעת הפרקים של ספר יונה, העוסקים בתהליך החזרה בתשובה של אנשי העיר נינוה.
יש בתי כנסת שבהם קוראים את ההפטרה מתוך מגילה הכתובה על קלף. במגילה זו כתוב ספר הנביאים מתחילתו ועד סופו, כגון, ספר מלכים, ספר ישעיהו, ספר ירמיהו וכדומה.
טעמי הנביאים שונים במנגינתם מטעמי קריאת התורה, ומנגינה זו מיוחדת לקריאת הנביאים בלבד.
קריאת ההפטרה נחשבת לכבוד גדול ונוהגים לכבד בקריאתה בעלי שמחה. יש קהילות ספרדיות שבהן מוסיפים לאחר ההפטרה את הפסוק: "גואלנו ה` צב-אות שמו קדוש ישראל". יהודי עירק מוסיפים לאחריו את הפסוק: "בית יעקב לכו ונלכה באור ה`". יהודי גאורגיה נוהגים להוסיף את הפסוק: "חזקו ויאמץ לבבכם, כל המיחלים לה`", לפני ברכות ההפטרה.
קריאת ההפטרה נועדה לחזק את האמונה בדברי הנביאים ולהעמידם במקום של כבוד מול דברי התורה עצמה, כנאמר בסיום ברכת ההפטרה: "ברוך אתה ה` הבוחר בתורה ובמשה עבדו ובישראל עמו ובנביאי האמת וצדק!"