הדינים של טומאה וטהרה שייכים לסוג המצוות הידועות בתור חוקים, אשר שום הסבר לא ניתן עליהן. את החוקים האלו היינו צריכים לקבל רק מתוך אמונה, כיון שהקב"ה נתן אותן. כמו שלימדונו חכמינו באמרם: "לא המת מטמא ולא המים מטהרים, אלא אמר הקב"ה: חוקה חקקתי, גזירה גזרתי, אי אתה רשאי לעבור על גזרתי".
אם נתבונן בתורה ביתר עיון, נמצא שלמקווה יש משמעות עמוקה יותר מטהרה בלבד, במיוחד בשני תחומים.
התחום הראשון עוסק בהקדשה הראשונית של אהרן ובניו לכַהֵן, דבר שהתרחש מיד אחרי יציאת מצרים ונעשה על ידי משה רבנו. אהרן ובניו שירתו אחרי כן ככהנים במשכן, אשר נבנה במדבר, ומעמד מיוחד זה נשאר לצאצאיהם לעולם. גם כיום, כהן הוא אדם אשר שולשלת היוחסין שלו נמשכת בלי הפסק עד אהרן הכהן.
התורה מספרת לנו, שהצעד הראשון בהקדשת אהרון ובניו לכהנים, היה כרוך בטבילה במקווה.
כאן הטבילה לא היתה עניין של "טהרה", אלא ביטוי לשינוי מעמד – עליה ממצב אחד למשנהו. בתחילה אהרן ובניו לא היו שונים מכל אדם אחר, ובטבילה זו הם השיגו את המעמד החדש של הכוהנים.
התחום השני, שבו אנו מוצאים משמעות מיוחדת למקווה, הוא בעבודת יום הכפורים בבית המקדש. סדר העבודה הזה מוגדר בפרשת אחרי מות בספר ויקרא.
החלק הנעלה ביותר בעבודה זו בבית המקדש היתה הכניסה של הכהן הגדול לקודש הקודשים – מקום שבו היו שמורים בתוך ארון שני לוחות הברית, אשר נתן ה' למשה בהר סיני. זה היה היום היחיד בשנה, שאדם כלשהו הורשה להיכנס לקודש הקדשים. הכהן הגדול היה צריך ללבוש בגדים לבנים מיוחדים לפני כניסתו למקום המקודש ביותר. לאחר צאתו מקודש הקודשים, שב ולבש את בגדי הזהב, שהיה לובש כל השנה.
ביום הזה, הקדוש מכל הימים, היה הכהן הגדול נכנס לקודש הקודשים כמה פעמים. דבר זה הצריך החלפת בגדים חמש פעמים, כיון שהוא התחיל וסיים בבגדי זהב, ובכל פעם, קודם שהיה מחליף את בגדיו, היה עליו לטבול במקווה.
אחרי שבעת ימי הכנה לעבודת יום- הכיפורים, בודאי שלא היה הכהן הגדול בלתי נקי או בלתי טהור, דבר שהיה מצריכו טבילה. ואם כן, לשם מה טבל? אלא כיוון שהוא היה מתנסה בשינוי של מעמד, דבר שהסתמן באופן דרמטי בהחלפת הבגדים, כאשר הוא נכנס לקודש הקודשים, היה לו מעמד שונה לחלוטין מזה שהיה לו קודם לכן מעמד מיוחד שאיפשר לו את הכניסה למקום הקדוש ביותר. השינוי במעמדו הושג בטבילה במקווה.