אשת פוטיפר שגאוותה הנשית נפגעה כשדחה יוסף את חיזוריה, טפלה עליו האשמות שווא, ובזעמה הגדול לא שקטה עד שהושלך אל בור הכלא.
בעיני בשר היה יוסף חף מפשע, קרבן לעלילה שפלה. אולם, לאור אמות המידה המקראיות, אין יסורים בלא עוון. חייבת להיות משמעות למאורעות הנוחתים על האדם. ועל כן, אף כי הלשנת אשת פוטיפר היא שהוציאה לפועל את הגזירה להושבת יוסף מאחורי סורג ובריח, לא זו היתה הסיבה לעונש הכבד.
יוסף, שאחיו התעמרו בו ומכרוהו לעבד, חטא אף הוא כלפיהם. בעצם, הוא זה שגרם למעשיהם. הוא הסב לעשרת אחיו צער מיותר. חלומותיו המלכותיים הם שדחפו אותם למעשים שלא ייעשו. בעיניהם, היתה בחלומות אלו התנשאות שלא במקומה, התנשאות מעוררת קנאה המפירה את שלוות הרוח.
עליו לכפר, איפוא, על חטא זה. עליו ללמוד ולהכיר מהו פשר הדבר לצער את הזולת. ואכן, זוהי משמעותה של הכפרה: להבין את מושג הצער של האח ושל הידיד, כפי שהמקרא מבין מושג זה, לחוש אותו בכל היקפו, בכל עומקו ועל כל רבדיו.
עשר שנות הכלא היו עשרה כלי מדידה למוד בהם את מידת הסבל שגרם לאחיו. שנה לאח, שנה לאח. באותן שנים קלט יוסף שבעיני ההשגחה העליונה שקולה שנת סבל ובדידות בבור הכלא המצרי, כנגד עוגמת הנפש שגרם לאח אחד.
זה היה שיעור עצום לאדם כיוסף. זהו ביטוי למושג: "הקב"ה מדקדק עם הצדיקים כחוט השערה". אישיותו הותכה בכור ההיתוך של הכלא וצורפו כל סיגיה. שנות ייסורי נפש, חרטה ובדיקה אישית, הולידו מהפך. עשר שנים קשות אלו הצמיחו אדם חדש.
זו היתה גם הכנה מועילה לקראת המלכות המצפה לו בעתיד. התכונה שרכש בימי הענות והסבל תעמוד לו בשעה שינהיג את מצרים הרעבה. יהיה עליו להתמודד מול אוכלוסיה חסרת מזון השקועה בבעיות אבטלה, רעב וחוסר אמצעים. או אז, יזכור גם את האדם הסובל מאחורי הגרפים הכלכליים והדיווחים של הכלכלה המצרית. הוא יראה את האדם הפרטי הסובל והנאנק, ואליו הוא יחיש את ישועתו.