אוסף אדיר של מגילות קלף כתובות אשורית, אשר היווה את הספריה המרכזית במערות קומראן. החוקרים שהגיעו אל אותן מערות, מצאו עשרות קטעים משרידי מגילות שלמות שבלו במהלך השנים או נשדדו.
בין האוספים גם מצאו את ה"פשרים", אלו הם ספרי התנ"ך הכתובים על קלף, וכן ספרי דרוש שבאו לפרש נבואות כדי שיהיו תואמות עם המאורעות הקשים שעברו על עם ישראל במהלך השנים האחרונות שקודם החורבן.
מלבד ספרות הפשרים, הכילה הספריה בקומראן כתבים שהתחברו על ידי אנשי הכת שהתגוררה במערות באיזור. לאנשים אלו היה משטר מיוחד וחוקים מיוחדים שנועדו לחדד את ההבדלים בין אנשי הכת המתבודדים לבין העם כולו.
אנשי כת קומראן היו סופרים. כך עולה משרידי הקסתות ושולחנות הכתיבה (מאבן) שנמצאו בקומראן. החוקרים מצאו דפי קלף משורטטים ועליהם ניסיונות כתיבת אותיות אלף-בית בסגנונות שונים, כדרך שמלמדים סופרים מתחילים לנסות ולכתוב צורות שונות של אותיות. לא היו בקומראן ילדים שצריך היה ללמדם אלף-בית, כיוון שאנשים אלו, לא נשאו נשים והתנזרו מן הנישואין. שרטוטי האותיות שימשו את הסופרים הצעירים כדי שילמדו את המקצוע ויעתיקו אף הם ספרי קודש עבור צרכי הכת ולצרכי מכירה לגורמים מחוץ לכת.
החורבות ליד ים המלח נשדדו על ידי הרומאים. שרידים של דם, מלחמה ומטבעות מימי המרד ברומי, נמצאו פזורים במקום. מה עשו הרומאים בספרי הקודש שגילו בחרבות? את חלקם מכרו ואת השאר שרפו או איבדו. אנשי הכת מלומדי המלחמות ידעו להטמין את ספריהם בכדים ארוכים וגבוהים וכך הצילו עבור הדורות הבאים את עשרות ספריהם.