סוגי הטומאות השונים קשורים למוות או לניתוק הקשר עם מקור החיים, עם הבורא. בהתאם, ההטהרות קשורה לחזרה לימי בראשית, לעולם שהתחדש בציווי הבורא, עולם טבעי שיד אדם טרם נגעה בו.
הטומאה בעלת הדירוג החמור ביותר, הנקראת "אבי אבות הטומאה", היא גוף אדם מת. מובן מאליו, שאין בקביעה זו משום עלבון למת או הטלת כתם על ערכם של החיים והמתים. הטיפול במת, הלוויתו וקבורתו נחשבים למצוה גדולה, מצוה הנקראת "גמילות חסד של אמת".
נבאר את סיבת בואה של טומאה זו:
האדם נוצר כתרכובת של גוף ונשמה, כפי שנאמר: "וייצר ה' אלוקים את האדם עפר מן האדמה, ויפח באפיו נשמת חיים" (בראשית ב', ז'). ומבאר רש"י שם: "עשאו מן התחתונים ומן העליונים: גוף מן התחתונים ונשמה מן העליונים". ככלל, הגוף הוא החלק החומרי שבאדם, ואילו הנשמה משמשת כמקור של המערכת הרוחנית שבו. בחייו של האדם, כאשר נשמתו שוכנת בתוככי גופו, הגוף עצמו מתעלה, שהרי הוא זה שמוציא לפועל את פקודות הנשמה. לעומת זאת, כאשר האדם מת ומסתלק ממנו חלקו האלוקי, הגוף נעשה מעורטל מהנשמה ומכל מעלותיה. בשעה זו הגוף מאבד את התכונות האמיתיות שלו, אין לו דעה ובחירה חופשית. הדבר בא לידי ביטוי בדרגת "אבי אבות הטומאה".
במבט מעמיק יותר ניתן להגדיר שהמילה "טומאה" נגזרת מלשון "אטימות". מצב טומאה מאפיין אוטם וניתוק מהחיבור הטבעי הקיים בין הנברא לבוראו. שורש החיבור והקירבה הקיימים בין האדם לבוראו, טמון בנשמה, שהיא חלק א-לוק ממעל. גוף שהתנתק מהנשמה על ידי המוות, התנתק גם מהאלוקות, ממקור החיים, ולכן הוא טמא. חייץ מהותי זה שנוצר בין הנברא לבורא הוא מקור ה"טומאה". ואמנם, לדעת פרשנינו הקדמונים, המוות הוא הכלל המקיף את כל הטומאות. כל שאר הטומאות שנימנו בתורה, קשורות במידה זו או אחרת אל המוות. בהמה שמתה הרי היא נבלה והיא מטמאה, וכמו כן שרץ מת. גם הצרעת קשורה אל המוות, בהיותה תופעה של בשר מת.
ברוח זו נבין גם את טומאת אשה נידה. הנידות נוצרת כתוצאה מהתפרקות וממוות של גרעין שהיה ביכולתו ליצור חיים חדשים. מותו של גרעין זה הוא גורם הטומאה.
בנוסף לכך, בפעם הראשונה בתולדות האנושות הופיע המוות בעקבות חטאו של אדם הראשון. נמצא אם כן, שהיתקלות בגופת מת, יש בה תזכורת לחטא הקדמון, חטא המהווה סמל לניתוק הראשוני שבין האדם לאלוקות. ניתוק זה קרוי בפינו, "טומאה". נוצרת אם כן משוואה משולשת: חטא = ניתוק מאלקים = מוות.
הטבילה במי מקווה מטהרת את האשה מטומאת נידה. הרעיון הגנוז כאן הוא שאדם הנכנס כולו למים שיד אדם לא שינתה אותם מצורתם הראשונית, הריהו מתקשר למי בראשית. בעלותו מן המים הוא רענן וטהור כקטן שנולד, בדומה למים המסמלים את העולם שהתחדש בששת ימי בראשית במאמרו של הקב"ה.
יתרה מזו, לנוכח ההסבר שהטומאה מתקשרת אל המוות ואל החטא, בהיותם גורמים המנתקים את הקשר של האדם לבורא, הרי שהטבילה מהווה ניגוד קוטבי לכך. הטבילה במי בראשית, מים שאין בהם שמץ של מלאכותיות, מחדשת את הקשר אל הקב"ה – יוצר בראשית, והאדם נטהר!