פעם התלקחה מחלוקת בישיבת ראדין בקשר למשגיח הישיבה. מחצית הישיבה עמדו לצידו והמחצית השניה התנגדו לו. כדי להכריע בין הצדדים, הושיבו בית דין שהיה מורכב מטובי הלמדנים.
בתחילה העלימו את הענין מהחפץ חיים, אך מאוחר יותר, כשנודע לו הדבר, היתה לו עוגמת נפש גדולה. הוא נכנס לישיבה ודיבר כשעתיים במרירות נפש על עוון המחלוקת. בין יתר דבריו הוא אמר:
"הרמב"ם פוסק בהלכות דעות שכת מספרי לשון הרע אין להם חלק לעולם הבא. בספרי על הלכות לשון הרע, השמטתי הלכה זו בכוונה תחילה, כי לא רציתי להביא דברים כה חריפים בספרי. אבל גם אם לא העתקתי דין זה, סוף סוף הוא קיים. והוא הוסיף:
מובא בגמרא שפעם התאספו התנאים והחליטו למנות את שלמה המלך בין אלה שאין להם חלק לעולם הבא, מפני שבפסוק כתוב עליו כי עשה את הרע בעיני ה'. עודם מדברים בעניין זה ואש יצאה ושרפה את הספסלים שעליהם ישבו. למרות שהיה בכך אות, שאין מסכימים עמם בשמים, הם לא השגיחו בכך והתקבצו שנית להוציא את החלטתם לפועל. גם בפעם הזאת עכבו אותם בשמים על ידי בת קול.
ויש לתמוה, מה איכפת בשמים מהחלטות בני אדם, עד שראו לנכון להפריע להם בדיוניהם? אלא, שמיום שניתנה התורה לבני אדם, נמסרה הרשות לבית דין של מטה, וכפי שמחליטים כאן למטה, מקיימים בבית דין של מעלה. ואם היו פוסקים שאין לשלמה חלק לעולם הבא, באמת לא היו יכולים להכניסו לשם".
ואז הזהיר במלוא קולו: "כל אחד מבעלי המחלוקת חושב: 'אני פועל למען האמת, ומכיוון שאני בן תורה ומתייגע בלימודי, בוודאי לא ידחוני מהעולם הבא'. אך דעו לכם! אם הרמב"ם פסק דין להלכה, לא יועילו בעולם הבא שום עצה וזכות!"
עם סיום דבריו הסתלק החפץ חיים מהמקום, ולא היה מוכן להשתתף בדיונים. בכל זאת, לאחר זמן, כאשר המחלוקת לא שקטה, לחש החפץ חיים באוזנו של המשגיח כי למען קיום הישיבה יעתיק את מקומו לישיבה אחרת.