נאמר בתורה: "וידעת היום והשבות אל לבבך" (דברים, ד', ל"ט), מכאן שמצוות עשה להעמיק בידיעת ה' ולבסס את האמונה. אמונה שנצרפה בכור ההיתוך של השכל הבוחן ובודק, עולה בעוצמתה לכאורה על אמונה פסיבית. אמונה המבוססת על מחשבה קשורה להכרה ברורה. האדם חייב להשתדל שתהיה הבנתו מזדהה עם אמונתו.
זהו עיקר תפקידה של מחשבת ישראל. היא מזינה את האמונה בהגיון. כל גדולי המחשבה שעמדו לעמנו, החל מתקופת המשנה והתלמוד ועד לרב סעדיה גאון, הרמב"ם, רבי שלמה אבן גבירול, רבי יהודה הלוי, הרמח"ל ודומיהם, השתדלו להחדיר את המושגים היסודיים של תורת ישראל לתודעתו של האדם, באופן שיהיו ברורים, מובנים ומשכנעים באמיתותם.
אין פשרות בעבודת ה', ואי אפשר שיהיה פיצול באמונה. אדם צריך לעמול עד שיזדהה כליל עם העיקרים שהוא מאמין בהם.
ואולם, כשאנו מעיינים בספרות המחשבה הישראלית, אנו נתקלים בתופעה מעניינת: עם הדרישה לעיון ולמחקר, מדגישים כל חוקרי היהדות את מגבלותיו של האדם ואת חוסר יכולתו להתמודד שכלית עם הבעיות המטפיסיות. אין הוא מסוגל להבין את מה שלמעלה מן הטבע. בלשונו של הרמב"ם קיימת מציאות הנקראת: "קוצר המשיג ועומק המושג". דעתו של האדם הרוצה להשיג – קצרה. האדם החי עלי אדמות כבול לחושיו, ולא יוכל להשתחרר מהם ולהשיג השגות מופשטות.
אין בקביעה זו משום שלילת הידיעה בתחום האמונה. האדם יכול לפתח את שכלו, לגלות צפונות ולחבוק עולם ומלואו בשכלו, אך עליו לדעת כי קיים גבול לתפישתו. המיוחד במחשבת ישראל הוא שהיא קובעת מערכת יחסים מיוחדת לאמונה הנובעת ממסורת הדורות, ממעמד הר סיני, מגילוי השכינה לנביאים ומקבלת חז"ל ברוח קדשם, מהרגשת הלב של מציאות אלוקים וקיום המצוות המעשיות בבחינת "נעשה ונשמע". לחקירה ההגיונית ולאימות השכלי של האמונה ניתן מקום שונה.
כשאנו מעיינים בתולדות הפילוסופיה הכללית המסתמכת רק על שכלו של האדם, אנו מוצאים יותר סתירות מאשר בנין. הפילוסופיה הכללית מתחילה מן הספק ומחפשת את הוודאי, אך סופה שהיא מסתבכת מעצמה.
זאת ועוד, כשאדם מסתמך רק על שכלו ולא על מסורת מקובלת, יוכל תמיד לבוא חוקר שני ולסתור את דבריו. לעומתו, המאמין אינו זז מאמונתו.
רנה דקרט, הנחשב לאבי הפילוסופיה המודרנית, מתחיל את מחקריו משלילה מוחלטת של כל הקיים, ומחליט, שרק על ידי חשיבה לוגית יגיע למסקנות. הבסיס הקובע לתורת ההכרה שלו הוא: "אני חושב, מכאן שאני קיים".
על בסיס זה הוא בונה את כל תורת ההכרה שלו. ואולם כאן המקור לטעותו. בעוד שהפילוסוף הבלתי מאמין בה', מאמין בכוחו של האדם להבין הכל, ועושה את האדם כקנה מידה מוחלט לכל תפיסה, המאמין בה' מרכין את ראשו בענווה ומודה בקטנותו. הוא יודע שכשם שכוחו הפיסי מוגבל, כך מוגבלת גם תפישתו.
פסקל, תלמידו של דקרט, נוכח בעקרותה של הפילוסופיה וטען, שאינה אלא אחיזת עיניים, כי אין התחלות מוחלטות. הוא ביטל את הפילוסופיה ונאחז באמונה: "אלוקי אברהם יצחק ויעקב, ולא אלוהי הפילוסופים".
בעוד שהתפיסה הפילוסופית אינה מחייבת את האדם לאורח חיים מסויים, ואין לאלוהיה משמעות לגבי תוכנו הנפשי, הרי אלוקי ישראל משמעותו דת, תורה ומצוות, מסעד רוחני יום יומי ומקור לתפילה, לתורה ולחשבון הנפש.