העימות בין דת ומדע הגיע לשיאו במאה ה-19. תקופה זו מכונה: "מאה נעדרת אלוקים". במאות הקודמות היה יחסו של המדע לדת יחס של כבוד והערצה. אייזיק ניוטון כתב: "אנו יכולים להשתחוות ולהעריץ את בורא העולם, ובזה כלולה התועלת הגדולה ביותר של מחקר הטבע". יוהאנס קפלר ראה בעבודתו המדעית עבודת אלוקים, ובלייז פסקאל כתב כי ביחס לנושאי אמונה, תגליותיו המדעיות הן בעלות חשיבות משנית.
יש לראות את תחילת העימות בין המדע והדת על רקע תהליכים חברתיים שהתרחשו באותה תקופה. תהליכים אלו קשורים למלחמה נגד הכנסיה, לצמיחת התנועות הסוציאליסטיות ולהישגים הכבירים במדע ובטכנולוגיה שהושגו במאה התשע עשרה.
המדע, שהגיע להישגים גדולים בפיסיקה ובכימיה, החל מנסה את כוחו בנושאים שאינם ניתנים למדידה, כחקר נפש האדם, חקר ההיסטוריה וחקר החברה. המתודות המדעיות המיושמות בשטחים אלו יצרו את הפסיכולוגיה והסוציולוגיה המודרנית. אמנם ההצלחות היו חלקיות, אולם התגברה התחושה שבעבודה שיטתית ניתן יהיה להגיע להישגים ניכרים. המחקרים המדעיים בנושאים אלו רמזו על דרכים ליצירת תורת מוסר חדשה המבוססת על עקרונות מדעיים.
בעקבות זאת מצאה הדת את עצמה עומדת מול מתקפה משתי חזיתות: חזית מדעי הטבע וחזית מדעי הרוח.
במאה התשע עשרה הגיעו התפתחויות אלו לידיעת הציבור הרחב באמצעות אנשי מדע שהשתמשו בכשרונם הספרותי להפצת ידע על המדע ועל הטכנולוגיה המתפתחים. אנשים כאלדוס האקסלי באנגליה וארנסט הייקל בגרמניה שימשו שופר לתורת האבולוציה. ספריהם הפיצו ארס אנטי-דתי במסווה של דיווח מדעי אובייקטיבי.
יצויין כי ההוכחות ה"מדעיות" שלהם נגד הדת הן שטחיות ולפעמים אף מגוחכות. הייקל, למשל, הוכיח שאין נשמה, על סמך העובדה שאין להפוך אותה לנוזלית בטמפרטורות נמוכות ובלחצים גדולים! אפילו איינשטיין הושפע מקריאת ספרות פופולארית זו. בגיל שתים עשרה הפך להיות אתיאסט. רק שנים מאוחר יותר, בגיל העמידה, הוא הגיע להכרה בקיומו של האלוקים.
ייתכן, שאחרי חלוף השיכרון שנבע מכוחו הגובר של המדע, היו ההפרכות של המדע נגד הדת מוצאות את פתרונן, אולם לתמונה נכנסו התנועות הסוציאליסטיות שצמחו במאה התשע עשרה.
תנועות אלה התבססו על תיאוריות מטריאליסטיות כדי לפתח תיאוריות חברתיות חדשות. הרעיונות של כוח עליון המתערב בהיסטוריה, לא תאמו את תורת הסוציאליזם. הן חידשו את המלחמה נגד הדת בכל הלהט המהפכני והכושר הארגוני שלהן. המלחמה שנוהלה לפני כן על ידי בודדים ללא יד מכוונת, התנהלה בסוף המאה התשע עשרה על ידי התנועות הסוציאליסיטיות, כבמלחמת קודש.
נראה היה כי במאבק שבין המדע והדת יצא המדע כשידו על העליונה. אולם דווקא כאשר נדמה היה שנגזר כיליון על הדת, התחוללה תמורה מפתיעה. הדת התאוששה והחלה להשיב מלחמה שערה. הדבר התבטא תחילה בהיחלשות המאבק נגד הדת בתחילת המאה העשרים, והוא נמשך בדורנו.
את התמורה הזאת ניתן להבין שוב על רקע השתנות הגורמים שחידדו את המאבק במאה התשע עשרה. המאבק בכנסיה הסתיים. התנועות הסוציאליסטיות הפכו לכוח מאיים ומשעבד יותר מן הכנסיה בשעתה, ובסופו של דבר הן קרסו.
גם המדע החל לאבד הרבה מזוהרו. אין כמעט תיאוריה מדעית שבמאה התשע עשרה נחשבה לתיאוריה מבוססת, שנותרה מקובלת בצורתה המקורית במאה העשרים. איינשטיין הפך את הזמן לממד רביעי ואת הממדים ליחסיים. האטום, שנחשב בלתי ניתן לחלוקה, נמצא עשוי חלקיקים תת-אטומיים. שוב אין המדע בטוח כי התיאוריות שלו מבטאות אמת אבסולוטית. אין למדע כל ביטחון שבעוד דור הוא לא יעבור שינויי צורה נוספים.
נוסף לכך, הפך המדע להיות מובן פחות. חלקיקים הם גם גלים וגם חומר. חומר הוא חומר, ובאותה שעה הוא אנרגיה. קווים מקבילים נפגשים בחלל העקום. מצד אחד המדע נעשה מסתורי ומעורר השתאות, ומצד שני אי אפשר להזדהות איתו באופן נפשי.
התברר, שהמדע מוגבל מבחינה לוגית, ולעולם לא יכול להציג את עצמו כמערכת המבוססת על מספר אקסיומות קטן. עקרון אי הוודאות מגלה כי קיימות מגבלות שלא ניתן להתגבר עליהן תיאורטית בתחום דיוק המדידות. בתחום המתודיקה של המדע מתברר, שהרבה ממה שנחשב כמדע אינו אלא פילוסופיה בלבוש מדעי. הנחה זו מסירה את הכתר המדעי מנושאים כמו ההיסטוריה או הפסיכואנאליזה. גם התיאוריות ה"מדעיות" של האבולוציה לוקות בפגם זה.
מתברר, שהבעיות האמיתיות העומדות בפני העולם הן דווקא בתחומי הרוח והמוסר. הבעיות הקיומיות של האדם עדיין לא נפתרו. בעיות הטוב והרע, החיים והמוות עדיין מעיקות על האדם בדיוק כלפני אלפיים שנה. קיום האנושות היום תלוי ביכולתה להתגבר על דחפי ההרס העצמי ועל התחרות הפרועה. אושר האדם תלוי במציאת אידיאלים רוחניים שיתנו סיבה ותוכן לחייו, שכן לא על הלחם לבדו יחיה האדם. בנושאים אלו אין המדע והטכנולוגיה יכולים להציע פתרונות. דווקא הדת היא זו שיש ביכולתה להציעם.