רבי שמעון בר יוחאי חיבר את ספרו "הזוהר הקדוש", הנקרא גם "מדרש יהי אור", יחד עם תלמידיו, לאחר ששהה שלוש עשרה שנה במערה. כמו כן חיבר רבי שמעון את חיבורו "רעיא מהימנא", על שם משה רבינו הרועה הנאמן ואת "ספרא דצניעותא", חמישה פרקים כנגד חמישה חומשי תורה.
רבי שמעון חיבר את ספר הזוהר כפירוש על כל עשרים וארבעה ספרי התנ"ך, אולם לדאבוננו, נותרו לנו רק כתביו על חמישה חומשי תורה.
ביום פטירתו, כשנטתה השמש לשקוע, התחזק רבי שמעון, וכששפתיו רוחשות תפילה, פתח ואמר: "כל ימי ביקשתי לגלות רז זה, ולא עלה בידי. רק עתה ניתנה לי רשות. הריני גוזר שלא יחשיך יום זה ככל הימים, שהרי יום זה כולו ברשותי הוא, והריני מתחיל לגלות בו נסתרות".
רבי שמעון ישב ודרש, תלמידו רבי אבא ישב לפניו וכתב, ורבי אלעזר בנו חזר על הדברים. כל התלמידים שהיו עימו שמעו והתפעמו, אש ליהטה סביבם והשמש לא שקעה. רבי שמעון גילה סתרי תורה מכבשונה של תורת הרז, עד שהגיע לפסוק: "כי שם ציוה ה` את הברכה חיים עד העולם".
אמר רבי אבא: "לא סיים רבינו הקדוש לומר: `חיים`, עד שנחלשו דבריו. אני שכתבתי, ביקשתי לכתוב עוד, ולא שמעתי, ולא נשאתי את ראשי, כי האור היה רב, ולא היה ביכולתי להסתכל. כאשר שמעתי בת קול הקוראת ואומרת: `אורך ימים ושנות חיים ושלום יוסיפו לך`, הזדעזעתי. שמעתי קול אחר: `חיים שאל ממך, נתת לו, אורך ימים עולם ועד`. כל אותו היום לא פסקה האש מהבית, ולא היה מי שיתקרב אליו, כי סובבהו האור והאש".
"כל אותו היום נפלנו לארץ ובכינו. לאחר שפסקה האש, ראינו את רבנו הקדוש, קודש הקודשים, שהסתלק מן העולם – עטוי בלבושו, שוכב על ימינו, ופניו מחייכות. קם רבי אלעזר בנו, נטל ידיו ונשק להן. ביקשו החברים לבכות ולא יכלו לדבר. קם רבי חייא על רגליו ואמר: `עד עתה רבנו הקדוש פעל בשבילנו, עתה הזמן לפעול בשבילו`. קמו רבי אלעזר ורבי אבא והוציאו את מיטתו. החלה המיטה פורחת באויר, ואש מלהטת לפניה. והכל שמעו בת קול האומרת: `עלו ובואו והתאספו להילולא דרבי שמעון, יבוא שלום ינוחו על משכבותם`".
"כאשר נכנס למערה, שמעו קול במערה: `זה האיש מרעיש הארץ, מרגיז ממלכות. כמה גזרות הומתקו ביום זה בגללך! אתה הוא רבי שמעון בר יוחאי, שבוראו מתפאר בו בכל יום! אשרי חלקך! כמה עולמות עליונים נשמרו בשבילך. עליך נאמר: `ואתה לך לקץ ותנוח, ותעמוד לגורלך לקץ הימים!"`
רבי שמעון בר יוחאי נפטר ביום ל"ג בעומר, בשנת ג` אלפים תתק"כ לבריאת העולם ונקבר במירון. לזכר האש הגדולה שליהטה בבית כל אותו יום, ולאורה נאמרו סתרי התורה, נוהגים בכל תפוצות ישראל להדליק מדורות ולשיר לאורן את הפיוט המפורסם: "בר יוחאי, נמשחת, אשריך, שמן ששון מחבריך".
רבי שמעון בר יוחאי בחסידותו ובקדושתו, ניתנה לו רשות לגלות את סודות התורה בחיבור זה, לכן הוצרך רבי שמעון להזדכך עד שנעשה פיו כמקום המשכן וכהר סיני בזמן מתן תורה.
בזוהר הקדוש מוזכר שמם של ר` אלעזר, ר` אבא, ר` יהודה, ר` יוסי בר יעקב, ר` יצחק, ר` חזקיה בר רב, ר` חייא, ר` יוסי ור` ייסא, שהרבו להלך בשדות כשהם לומדים ומגלים סתרי התורה.
אף שהופעתו של הזוהר בהיקפו הגדול נתגלתה רק בשנים מאוחרות, היו חלקים ממנו בידי חכמי ישראל הקדמונים. אמנם הם אינם מזכירים שהוא מהזוהר הקדוש, אלא מכנים אותו: "מדרש ירושלמי", "מדרשו של רשב"י", "מדרש יהי אור", "חכמת האמת", "חכמי עליון הקדמונים" וכדומה. היו להם קטעים ממדרשים עתיקים של הזוהר, אך עדיין לא הגיעה עת התגלות הזוהר הקדוש, ולכן הם נמנעו מלהזכיר במפורש את שמו.
ספר הזוהר היה טמיר ונעלם, עד שהגיעה השעה, שעת רצון, להתגלותם של סתרי התורה אלו. נתקיימה ההבטחה האלוקית "כי לא תשכח מפי זרעו", ונפתחו שערי הזוהר לכל ישראל. הטעם שהוא התגלה רק לאחר כאלף וחמש מאות שנה מאז שכתבו רבי אבא מפי רבי שמעון, מוזכר בזוהר עצמו (סוף תיקון ו` עמ` כ"ד.). שם מתקשר גילוי הזוהר לגאולה העתידה ששעתה מתקרבת.
ספר הזוהר הופץ תחילה בספרד בצורת קונטרסים. נתגלגלה זכות על ידי רבי משה די ליאון ששקד על מלאכתו באמונה, והפיץ ברבים קונטרסים מהזוהר.
בזוהר הקדוש מצויים כמה חיבורים נוספים ונפרטם אחד לאחד:
"הזוהר החדש" מסודר על פי סדר פרשיות התורה, וכן על המגילות. הטעם שנקרא בשם זה משום שהובא לדפוס בשנת שנ"ז, שלושים ותשע שנים לאחר הדפוס הראשון של הזוהר בשנת שי"ח.
"תיקוני הזוהר" הם שבעים תיקונים שפירש רשב"י בתיבת "בראשית" ביושבו במערה.
אחד מהחיבורים הגדולים בזוהר הוא "רעיא מהימנא", המבאר את המצוות בדרך נסתרת ופנימית. בספר "אור החכמה" (פרשת ואתחנן) כתב שחיבור זה היה ספר בפני עצמו, אך המסדרים פיזרו וחילקו את הספר לכל מקום שבו עוסק הזוהר בענין זה.
אחד מחלקיו הידועים של הזוהר הוא ה"אדרות". בפרשת נשא מובאת "אדרא רבא", ובסוף הזוהר הקדוש בפרשת האזינו מובאת "אדרא זוטא".
"אידרא דמשכנא" מופיע בפרשת משפטים. זהו חיבור קדמון שהיה קודם לתקופת רשב"י, ונראה שרשב"י גילה ולמד אידרא זו עם תלמידיו.
דרושים מרב ייטב סבא שבא מגן עדן ונתגלה לרבי חייא ורבי יוסי, לבאר להם יסודות חשובים בעניני הנשמה והגלגולים, מובאים בפרשת משפטים באריכות גדולה.
בפרשת תרומה (ובדפוס קרימונה בפרשת בראשית) מופיע חיבור "ספרא דצניעותא" שהוא קיצור האידרא, ובו עיקרי תורת קבלת הזוהר. לחיבור זה נכתב פירוש בשם "זוהר הרקיע" לאחד מתלמידי האריז"ל. הוא כותב, שרשב"י חיבר ב`ספרא דצניעותא` חמישה פרקים כנגד חמישה חומשי תורה.
בשנת ה`שי"ז נתגלו ספרי הקבלה לכל, והמדפיס עמנואל מבנווינטו רצה לסדר את הזוהר הקדוש מתוך כתב יד ולהביאו לבית הדפוס, אך אז התעוררה מחלוקת עצומה בין גדולי ישראל האם להדפיסם.
לפני ארבע מאות ושלושים שנה החל גילוי תורת האמת, עם פתיחתו של בית המדרש של האר"י הקדוש בצפת. כל קיומו של בית המדרש לא היה כי אם שבעה עשר חודשים בלבד, מפסח שנת ה`של"א עד פטירת האר"י בה` מנ"א ה`של"ב. בתקופה זו הספיק האר"י להנחיל את תורת האמת לתלמידיו, ובראשם רבי חיים ויטאל. מאז התחילו כל יודעי ח"ן להגות וללמוד אך ורק על פי שיטתו של האר"י הקדוש.