ההיטהרות נעשית בעיקר באמצעות מים, ע"י טבילה במקווה. המים הם המקשר העיקרי עם גן עדן.
התלמוד מספר, שכל המים שבעולם מקורם מהנהר שיצא מגן עדן. במובן רוחני, נהר זה הוא המקור הרוחני של כל המים שבעולם. משמעות הדברים היא, שאמנם האדם אינו יכול לחזור ולהיכנס לגן עדן עצמו, שהרי גורש משם, אולם כאשר יש לו זיקה לנהר היוצא מגן עדן, באמצעות הטבילה במים, הוא יוצר קשר מחודש עם המקום.
ואכן, אנו מוצאים במדרש, כי אחרי שהאדם גורש מגן עדן, חזר בתשובה, וישב ישיבה ממושכת בנהר זה. אף שהכניסה לגן עדן ננעלה בפניו, הוא ניסה לשמור על הקשר למקומו הקודם באמצעות נהר זה.
כאשר אדם טובל במי מקווה, במידה מסויימת הוא יוצר קשר עם מדרגת האדם השלם, מדרגת 'אדם הראשון' לפני החטא. באופן זה הוא מבטל את מצב הטומאה שלו, וכאילו נולד לידה מחודשת וטהורה, לידה המאפשרת לו כניסה לבית המקדש.
לפי הסבר זה נבין שמי המקווה חייבים להגיע בצורה טבעית. אסור שתיווצר אפשרות, שבשלב כלשהו של זרימת המים הם ייפגעו מ'זיהום רוחני', כיוון שאירוע זה ינתק את הקשר הישיר של המים עם הנהר של גן עדן.
חכמינו מסבירים שבמלה מקוה מצויות אותיות זהות לאלו שבמלה קומה. הסמליות שבדבר היא, שבעזרת המקווה מסוגל האדם להתרומם משפל המדרגה, מהסיבות שהביאוהו למצבו הנחות, וליצור קשר עם מדרגת האדם השלם, שהתבטאה, בין השאר, בהיותו בגן עדן.
כיצד נלמד עניין זה מן הפסוקים? הסיפור על גן עדן מופסק בתיאור של "ונהר יוצא מעדן". מהי הסיבה להזכרת נהר זה? לפי דברינו, סיבת הזכרת הנהר ברורה: התורה מספרת לנו, שהקב"ה נטע "גן בעדן מקדם", ובתוכו הוא נטע "עץ הדעת טוב ורע". האדם הועמד בפני נסיון, ונוצרה אפשרות שיחטא ויגורש מגן עדן. אולם הקדים הקב"ה רפואה למכה, ובטרם שם את האדם בגן עדן, כבר יצר קשר בין גן עדן לבין העולם שמחוץ לו, באמצעות הנהר היוצא מגן עדן.
נמצא איפוא, שתיאור הנהר היוצא מעדן אינו בגדר עובדה, שאין לה קשר להמשך הדברים. להפך, זוהי הצהרה חשובה הנוגעת למצבו של האדם הנמצא בעולם שמחוץ לגן עדן. קיימת הדגשה שאף שהאדם גורש מגן עדן, הוא נותר קשור אל הגן באמצעות נהר זה.
הטבילה בעת ההיטהרות פעולה שיש בה משום שינוי מעמדו הרוחני של האדם. ממעמד של טמא הוא הופך לטהור. למעשה, תהליך הטהרה הוא תהליך של שינוי מעמד ולא תהליך "ניקוי".
הדוגמה הדרמטית ביותר לשינוי המעמד, המתבצע ע"י טבילה במקווה, היא בתהליך הגיור. ברור הדבר, שהטבילה במקווה לשם גיור אינה נובעת מחוסר ניקיון, אלא עניינה אך ורק שינוי מעמדו של האדם, כפי שנאמר בתלמוד: "טבל ועלה, הרי הוא כישראל לכל דבר".
אם רצוננו להיווכח, עד כמה הטבילה במקווה משנה את האדם, עלינו להתבונן במשמעות דברי חז"ל: "גר שנתגייר כקטן שנולד". דברי חז"ל אלו מגלים לנו היבט נוסף בעניין סגולתה של הטבילה במקווה. היבט הקובע שעלייה ממימי המקווה דומה לתהליך של לידת תינוק.
המקווה מייצג את הרחם. כאשר אדם נכנס לטבול במקווה, הוא נכנס, כביכול, לרחם אמו, וכאשר הוא עולה משם, הריהו כאילו נולד מחדש. באמצעות לידה רוחנית זו משתנה מעמדו לחלוטין.
הסבר זה נכון ומובן במיוחד בתהליך ההיטהרות מטומאה. הרחם הוא מקום המבודד לחלוטין מכל אפשרות של טומאה. התינוק בא לעולם במצב של טהרה מושלמת. אין שום אפשרות שתינוק ייטמא, בשעה שהוא נמצא בתוך הרחם. באותה מידה כאשר אדם נכנס למימי המקווה, הוא מותיר מאחריו את כל הטומאות, ומן המקווה עולה אדם חדש וטהור.
הזיהוי של המקווה עם הרחם הופך לברור יותר לנוכח העובדה, שהתורה מספרת לנו, שבזמן הבריאה היה העולם כולו מים. בפסוקים הראשונים של התורה, אנו קוראים (בראשית א, ב): "והארץ היתה תוהו ובוהו, וחושך על פני תהום, ורוח אלוקים מרחפת על פני המים". ביום השני של הבריאה נבדלו "המים העליונים" מן "המים התחתונים", וביום השלישי נקוו המים אל מקום אחד והפכו לימים ולאוקיינוסים, וכך נראתה היבשה.
המים מסמלים במידת מה את הרחם של הבריאה. לכן במקביל, כאשר אדם טובל במקווה, הוא כביכול נמצא במצב של העולם לפני שנברא. הוא מוסר את כל ישותו לכוח הבריאה של הקדוש ברוך הוא, וכאילו נולד הוא מחדש.
ניתן לראות הבחנה זו ע"י התבוננות בצד הלשוני של המלה מים. לדברי כמה מקורות, המלה מים גזורה מהמלה מה. כאשר אדם טובל במים, הוא מאפס את ה"אגו", את ההערכה העצמית שלו, ושואל "מה אני?". ה"אגו" וההערכה העצמית, הם דבר קבוע, בעוד שהמים הם סמל של אי-קביעות. כאשר האדם מוכן לוותר על ה"אגו" שלו, כאשר הוא מוכן גם להיוולד מחדש, יש בכך תרומה גדולה לתהליך התנתקות מעבר לא רצוי, ממעמד של גוי (בגיור) או ממצב של טומאה.
אפשר להסביר את עניין הטבילה כלידה מחדש גם בצורה ציורית יותר. כאשר האדם טובל בתוך המים, הוא מכניס את עצמו לסביבה שאינו יכול לחיות בה. אם יישאר מתחת לפני המים רגעים מספר, ימות מחוסר אוויר. הנשימה היא עיקר החיים. כאשר אדם מצוי מתחת למים שבמקווה, הוא נכנס באופן זמני לממלכה של מחוסרי החיים, וכאשר הוא יוצא, הוא כאילו נולד מחדש.
במידה מסויימת ניתן להבהיר לפי מהלך מחשבתי זה מדוע מקווה אי אפשר לבנות בתוך אמבטיה, והוא חייב להיבנות מחובר לאדמה. במידת מה מסמל המקווה גם את הקבר. שהרי כאשר האדם טובל, הוא נמצא במצב של חוסר חיים זמני, וכאשר הוא עולה מחדש על פני המים, הוא שב לתחייה, ומצבו משתנה לחלוטין.
המקווה מאופיין איפוא, בשני סמלים נוגדים: "רחם" ו"קבר". אלו מושגים נוגדים, אך אין סתירה ביניהם. אלו הן שתי נקודות שהן הקצוות של מעגל החיים. שניהם מהווים מוקדים במעגל הלידה והמוות. כאשר האדם עובר דרך אחד ממוקדים אלו, מעמדו משתנה לחלוטין.
חכמינו מדמים את האדם שטובל במקווה לזרעים שנזרעו באדמה. אם זרעים אלו נטמאו טרם זריעתם, לצמחים שגדלו מהם יש מעמד חדש, והם טהורים. הזרעים חזרו למקורם, לאדמה, למקום שהם מסוגלים להתחיל בו שוב את מעגל הצמיחה. לכן כאשר הצמחים יוצאים מן האדמה, הם שוב אינם קשורים למצב הטומאה הקודם. מבט זה נכון גם ביחס לאדם. עבורו מי המקווה הם בבחינת הרחם ומקור הלידה, ולכן כאשר הוא יוצא מהם, הוא נעשה כאדם חדש.
הטבילה במקווה מסמלת התחדשות ותחייה. ממימי המקוה עולה האדם אל מצב חדש, מצב שכולו טהרה.