בעת שיגיע גוג לירושלים, יבקע הר הזיתים לשנים, ותווצר בקעה נרחבת בתווך, שאליה ימלטו יושבי ירושלים כדי להנצל מהמלחמה. רוחב בקעה זו, יהיה כ-4-5 קילומטרים, "ועמדו רגליו ביום ההוא על הר הזיתים אשר על פני ירושלים מקדם, ונבקע הר הזיתים מחציו מזרחה וימה גיא גדולה מאד, ומש חצי ההר צפונה וחציו נגבה" (זכריה י"ד, ד').

אל הבקעה יזרמו המים שהזכיר הנביא: "והיה ביום ההוא יצאו מים חיים מירושלים, חציים אל הים הקדמוני וחציים אל הים האחרון, בקיץ ובחורף יהיה".

שינוי טופוגרפי נוסף שיתרחש שם: "יסוב כל הארץ כערבה, מגבע לרמון נגב ירושלים וראמה וישבה תחתיה למשער בנימין, עד מקום שער הראשון, עד שער הפנים ומגדל חננאל עד יקבי המלך" (י"ד, י"ז).

הר הזיתים, שכיום ניצב סמוך מאד למקום המקדש, אמור להבקע לשנים באמצעו, כאשר החצי המזרחי של ההר מתרחק דרומה למרחק של כ-45 ק"מ.

ירושלים מתרוממת על שני הרים. על הר אחד: מקום המקדש, ירושלים הנוכחית וסביבותיה שמצד מערב. על הר נוסף שיתנשא במרחק כ-45 קילומטרים תתפתח ירושלים החדשה, אותה ראה יחזקאל בחזונו. הגיא שייוצר בין שני ההרים יהיה כערבה וכמישור, והוא ימשך מגבע, השוכנת דרומית לירושלים של עכשיו, ועד רמון.

"וראמה" – ירושלים עצמה, בין הישנה, שעליה יעמוד המקדש, על חצי ההר הצפוני, ובין החדשה, שעליה תעמוד העיר, שניהם יהיו רמים ונישאים, ושניהם יחשבו לירושלים אחת!

יחזקאל הנביא ממשיך לשרטט את התכנית החדשה של ירושלים: "וישיבני אל פתח הבית, והנה מים יוצאים מתחת הבית קדימה… פני הבית קדים והמים יורדים" (יחזקאל מ"ז). ובהמשך: "ואלה מידותיה, פאת צפון חמש מאות וארבעת אלפים, ופאת נגב חמש מאות וארבעת אלפים וגו'" (מ"ח, ט"ז-י"ז).

ירושלים עצמה תהיה עיר שמידותיה כ-75 ק"מ אורך ו-75 ק"מ רוחב, והיא תהיה מחולקת לרצועות, 30 ק"מ רוחב על 75 ק"מ ללויים (המקום יחולק ל-20 ערים), ועוד 40 ק"מ רוחב על 75 ק"מ אורך לשאר העם ול"אורחים" שיבואו מכל העולם להר הבית כדי לקנות חכמה ולהקריב קרבנות עבור עמם.

ירושלים, בהיקפה האדיר, תשכון במרכז, כאשר "הר בית ה' נשא מגבעות" (ישעיהו ב'). דרומית לירושלים ישכנו חמשה שבטים עד סוף הגבול הדרומי. צפונית לירושלים ישכנו שבעה שבטים, עד סוף גבולה הצפוני. בירושלים ייבנה בית המקדש שגודלו יעלה על קודמיו.

הקב"ה מעביר את הנביא יחזקאל בחזונו שלב אחר שלב, ומתאר בפניו את כל "מעיין המקדש", מן הזרמים הדקיקים במזבח ועד "נחל אשר לא יעבור": "בצאת האיש קדים וקו בידו וימוד אלף באמה, ויעבירנו במים, מי אפסים". כלומר, במשך אורך של כאלף אמה (כ-500-600 מטר) עדיין המים נמוכים מאד, "וימד אלף ויעבירנו במים – מים ברכים, וימד אלף ויעבירנו מי מתניים". לאחר אלף אמה המים כבר מגיעים לברכיים, ולאחר אלף אמה נוספות הם כבר מגיעים למתניים. "וימד אלף – נחל אשר לא אוכל לעבור, כי גאו המים". לאחר אלף אמה נוספות כבר אי אפשר לעמוד במי הנחל הללו.

מהי מטרתו של "מעיין בית המקדש", המתפתח לממדים כה כבירים? נפנה לפסוק הבא:

"ויאמר אלי הראית בן אדם… המים האלה יוצאים אל הגלילה הקדמונה וירדן על הערבה, ובאו הימה, אל המים המוצאים ונרפאו המים" (יחזקאל מ"ז, ח').

מסעם של המים לארבע ימות: מזרחית, לים המלח ולכנרת, ומערבית, לים התיכון ולאוקיינוס הוא למטרת טיהורם והגברת מתיקותם. כתוצאה מהשינויים הללו תתרחש פריחה מופלאה בצומח ובחי, שמסביב כפי שנאמר: "והנה על שפת הנחל עץ רב מאד מזה ומזה" (מ"ז, ז'):

"והיה כל נפש חיה אשר ישרוץ אל כל אשר יבוא שם נחלים יהיה, והיה הדגה רבה מאד, כי באו שמה המים האלה וירפאו וחי כל אשר יבוא שם הנחל" (פסוק ט'), כל מקום שאליו יגיע הנחל יתמתק ויטהר.

לאלו החוששים להעלמות המלח כתוצאה מהשינויים הדרסטיים, לאלו המצרים על סגולות המרפא הנודעות של סביבות ים המלח, מובא בפסוק הבא: "ביצותיו וגבאיו לא ירפאו, למלח ניתנו…" (פסוק י"א). ביצותיו – על מעיינות הגופרית שלו, וגבאיו – נקעים שיוותרו לאחר מסע הטיהור, לא ירפאו – כלומר, לא יתמתקו, כי … למלח נתנו! זו מטרתם, והם ישארו כשהיו בעבר.

בפסוק האחרון בענין מסיים הנביא: "ועל הנחל יעשה שפתו, מזה ומזה כל עץ מאכל, לא יבול עלהו ולא יתום פריו, והיה פריו למאכל ועליו לתרופה…" (פסוק י"ב) כל הפירות הצומחים לצדדיו יהיו למאכל ללא שינוי בעונות השנה, ועלהו לתרופה.