מצויים אנשים הסוברים שאחריות האדם למעשיו היא מוגבלת, ואין להאשימו במעשה שנעשה ללא כוונה לחלוטין. התורה מלמדת שהשקפה זו בטעות יסודה. כל מעשה היוצא מתחת ידי האדם משפיע ועושה רושם אפילו בעולמות העליונים. "עשה אדם מצוה אחת, קנה לו פרקליט אחד" (מסכת אבות ד', י"ג) – מעשה טוב עושה פירות לעד. באותה מידה, אם עבר אדם עבירה, גם מעשה זה פועל את פעולתו ומשאיר את רישומו הרע.
כשנתבונן בדבר נמצא בו עומק נוסף. הגמול שאדם מקבל עבור מעשיו הטובים או הרעים, אינו נושא צדדי. העונש הנספח למעשה הוא תוצאה ישירה ובלתי נמנעת של המעשים עצמם. בפי ירמיהו הנביא נקבע מטבע הלשון: "תיסרך – רעתך" (ב', י"ט). הרעה עצמה משלמת לאדם את גמולו, והיא המענישה אותו. גם העובר עבירה בשוגג זקוק לכפרה. המעשה עצמו ותוצאותיו מחייבים גלות.
עם זאת, יש בפרשת ערי המקלט גילוי מיוחד של חסד הבורא כלפי בריותיו. אם באמת ובתמים לבו של ההורג מייסרו, והוא מבקש מפלט, הקב"ה מאיר לו פנים ומאפשר לו זאת.
לשם כך נבנתה רשת מסועפת של כבישים רחבים, מערכות גשרים, צמתים ושילוט נרחב המורה את הכיוון לעיר המקלט. כל אלו הוקמו בעבור יחיד שאירע לו מקרה ביש זה, והוא נס אל עיר המקלט. תקציבים ומשאבים נדרשו לשם כך, אולם הכול כדאי עבור המבקש לשוב מחטאו. גם בתוך ערי המקלט מאפשרת התורה לרוצח בשגגה, הנס לשם, תנאי מגורים ותנאי מחיה משופרים.
כלל גדול מלמדת אותנו התורה בפרשה זו: אפילו על מעשה קל לא ניתן לעבור לסדר היום מבלי לבקש כפרה כנה ועמוקה. אולם, אם עלו הרהורי תשובה בלב אדם, והוא מבקש בכנות למחות את משוגותיו ולפתוח דף חדש, הקב"ה פותח לו פתח של תקוה, ומצווה על הכול לסייע לו.
מידה זו השתית הקב"ה ביסוד הבריאה מראשית ימיה הקדמונים. כך יסד מלכו של עולם, הוא מאיר פנים למבקשים לשוב אליו באמת ובתמים ומורה להם את דרך התשובה.